Primary-разделы, отличные от 1-го (диск C:), отформатированные в FAT32 из-под DOS, не видны из-под этой же DOS (даже от win98). W2k, XP и w2003 такие разделы видят нормально. Scandisk из-под DOS для таких разделов лучше не запускать - плодится куча ошибок, и такое "исправление" приводит к тому, что файлы даже из-под W2k, XP и w2003 перестают читаться.

Резюме: дополнительные FAT32 диски имеет смысл создавать только как логические диски на extended-разделе DOS, тогда все системы, включая DOS, такие диски нормально видят.